Een nieuwe rekenmethode van het Centrum Wiskunde & Informatica (CWI) maakt het mogelijk om genomen van gemuteerde virussen te reconstrueren. Dit maakt het makkelijker om gemuteerde versies van een virus in kaart te brengen. Dit is volgens het CWI cruciaal voor het opstarten van een succesvolle en efficiënte behandeling van een geïnfecteerde patiënt.
De rekenmethode is ontwikkeld door Jasmijn Baaijens, promovenda bij de Life Sciences & Health groep van het CWI. Zij vergelijkt het met het in elkaar zetten van een puzzel met miljoenen puzzelstukjes. Het genoom van virussen zoals HIV, Zika en Ebola muteert veelvuldig tijdens een infectie. Een patiënt kan daarom drager zijn van diverse stammen van een virus, ofwel ‘haplotypen’. Al deze haplotypen in een infectie samen vormen een ‘virale quasi-soort’. Virussen passen zich zo aan de omgeving aan, wat genezing bemoeilijkt.
Geen voorkennis nodig
Baaijens beschrijft in haar proefschrift verschillende ‘de novo’ benaderingen voor het reconstrueren van haplotypen. Dit betekent dat de nieuwe methoden geen voorkennis vereisen over de samenstelling van het genoom van virussen.
Vooral het feit dat een referentiegenoom geen vereiste is, maakt volgens het CWI de nieuwe methode innovatief. Afwijkingen veroorzaakt door het gebruik van een referentiegenoom, zijn namelijk een grote belemmering voor veel methoden gericht op haplotype reconstructie van virale quasi-soorten. De nieuwe algoritmen vormen samen de eerste ‘de novo’ aanpak voor een volledige, veel nauwkeuriger reconstructie van virale quasi-soorten dan met bestaande methoden mogelijk is.
Data voorheen struikelblok
Baaijens en collega’s hebben technieken gebaseerd op overlappende grafieken gebruikt die eerder niet bruikbaar leken bij ‘next generation sequencing’ analyses. De hoeveelheden benodigde data waren hierbij vroeger het grootste struikelblok. De overlappingstechniek bleek uiteindelijk de enige manier te zijn om technische fouten in kaart te brengen van de specifieke sequentiemutaties van virale stammen. Zij maakt de nauwkeuriger rekenmethode mogelijk.
Proefschrift: De novo approaches to haplotype-aware genome assembly
Krachtenbundeling
Recent werd nog bekend dat het CWI, Vrije Universiteit Amsterdam (VU), Amsterdam UMC, Amsterdam health & technology institute en zorg- en welzijnskoepel SIGRA de krachten gebundeld hebben voor het onderzoeksproject ‘DOLCE VITA’. Zij willen zo de kwaliteit van acute ouderenzorg voor 75-plussers te verbeteren. In het project wordt een model ontwikkeld dat helpt ‘wat-als’-vragen over de gevolgen van lange-termijn beleidsbeslissingen (investeringen, beleidswijzigingen en innovaties) in het gezondheidszorgsysteem te beantwoorden. Het model kan worden ingezet voor het ondersteunen van complexe besluitvormingsprocessen in het zorgsysteem.
