Onderzoekers van UMC Utrecht en het Hubrecht Instituut hebben, samen met biotechnologiebedrijf Cergentis en lymfoomexperts van vijf Nederlandse ziekenhuizen, een technologie ontwikkeld voor verbeterde opsporing van klinisch relevante chromosomale herschikkingen in tumoren. De methode, FFPE-TLC technologie, belooft de diagnostiek van lymfoom te verbeteren en kan volgens de onderzoekers relevant zijn voor het opsporen van herschikkingen bij andere kankersoorten zoals sarcoom en long- en prostaatkanker.
Alle lichaamscellen bevatten chromosomen met genetisch materiaal. Een verandering in de organisatie van de chromosomen heet chromosomale herschikking. Dergelijke herschikkingen kunnen plaatsvinden in de vorm van een translocatie – als een deel van een chromosoom wordt overgebracht naar een ander chromosoom. Andere voorbeelden van chromosomale herschikkingen zijn deleties – een deel van het genetisch materiaal ontbreekt – of duplicaties – een deel van het genetisch materiaal is verdubbeld.
Juiste diagnose tumoren
Sommige chromosomale herschikkingen zijn klinisch relevant: ze kunnen leiden tot genetische ziekten of kanker. Lymfoom, een kanker van het lymfestelsel, kan ontstaan door translocaties of andere chromosomale herschikkingen. Het opsporen van deze klinisch relevante genetische veranderingen is belangrijk voor een juiste diagnose van lymfoom.
Reden voor onderzoekers van de groep van de prof. Dr. Wouter de Laat, hoogleraar Biomedische Genomica aan het UMC Utrecht en groepsleider bij het Hubrecht Instituut, om samen met het Utrechtse biotechnologiebedrijf Cergentis en een aantal lymfoomexperts nieuwe technologie te ontwikkelen voor het beter kunnen opsporen van dergelijke chromosomale herschikkingen in lymfatische tumoren.
Verhoogde sensitiviteit, specificiteit
De technologie - formalin-fixed, paraffin-embedded targeted locus capture (FFPE-TLC) - stelt onderzoekers en pathologen in staat om translocaties en andere chromosomale herschikkingen te detecteren met verhoogde sensitiviteit en specificiteit. Daarnaast ontwikkelden ze het PLIER-algoritme, dat de detectie van deze veranderingen in het genetisch materiaal van patiënten automatiseert. Hiermee verbeteren de onderzoekers de diagnostiek van lymfoom aanzienlijk.
De studie, afgelopen week gepubliceerd in Nature Communications, analyseerde 149 tumormonsters van patiënten met lymfoom en toont aan dat FFPE-TLC duidelijke voordelen heeft ten opzichte van FISH – de methode voor translocatiedetectie die momenteel het meest gebruikt wordt. FFPE-TLC levert niet alleen meer informatie op, het laat ook een betere gevoeligheid en hogere resolutie zien.
“De FFPE-TLC aanpak belooft de diagnostiek van lymfoom te verbeteren en kan ook relevant zijn voor de detectie van chromosomale herschikkingen bij andere vormen van kanker, zoals sarcoom en long- en prostaatkanker. Onze samenwerking brengt het veld dan ook een grote stap voorwaarts,” stelt Wouter de Laat als hoofdonderzoeker van het project.
Verbeterde diagnostiek
De diagnostiek voor het sneller en eenvoudiger opsporen van tumoren wordt voortdurend verbeterd. Zo werd afgelopen april bekend dat hoogleraar functionele beeldanalyse Bram van Ginneken (Radboudumc) binnen zijn Vici-project software ontwikkeld heeft die een CT-scan kan analyseren om zo longtumoren automatisch te herkennen. Het Leids Universitair Medisch Centrum (LUMC) kondigde in oktober 2020 aan via een AIR-MEC studie te onderzoeken of kunstmatige intelligentie (AI) kan bijdragen aan het verbeteren van de diagnostiek bij baarmoederkanker.
Publicatie
Allahyar A, Pieterse M, Swennenhuis J, Los-de Vries GT, Yilmaz M, Leguit R, Meijers RWJ, van der Geize R, Vermaat J, Cleven A, van Wezel T, Diepstra A, van Kempen LC, Hijmering NJ, Stathi P, Sharma M , Melquiond ASJ , de Vree PJP , Verstegen MJAM , Krijger PHL , Hajo K, Simonis M, Rakszewska A, van Min M, de Jong D, Ylstra B, Feitsma H, Splinter E, de Laat W. Robust detection of translocations in lymphoma FFPE samples using targeted locus capture-based sequencing. Nature Communications 2021;12:3361.
