Het Leids Universitair Medisch Centrum (LUMC) gaat samen met de Universiteit Leiden een geheel nieuwe faciliteit voor high performance computing opzetten. Op 20 juni werd het officiële startsein gegeven voor de bouw van de ‘supercomputer’. reden voor de bundeling van krachten is dat wetenschappelijk onderzoek steeds meer rekencapaciteit vraagt, of het nou gaat om simulaties van sterrenstelsels of analyses van MRI-scans.
De afgelopen jaren is veel voorbereidend werk verricht, nu gaat het project om het Computing Facility for Excellent Research (CFER) te realiseren van start. Over twee jaar – wanneer ook het nieuwe datacenter van de Universiteit Leiden gereed is – moet de supercomputer er staan.
“We creëren een point of no return voor onszelf,’ aldus vicevoorzitter van het College van Bestuur Martijn Ridderbos tijdens de bijeenkomst in de Faculty Club waarbij de HPC-faciliteit aangekondigd werd. “We moeten onze onderzoekers optimaal faciliteren in hun werk. Een nieuwe supercomputer, met alle benodigde infrastructuur en ondersteuning daar omheen, stelt hen in staat nog beter onderzoek te doen.”
Nieuwe supercomputer biedt meer capaciteit
Voor de nieuwe faciliteit werken de Universiteit Leiden en het LUMC nauw samen. Het LUMC heeft al een faciliteit voor high performance computing (HPC) die wordt gebruikt door onderzoekers, maar ook voor complexe diagnostiek in de patiëntenzorg. Deze HPC-faciliteit is echter lang niet zo krachtig als dat het nieuwe CFER moet worden. “Het CFER biedt mogelijkheden voor innovatie, voor nog complexere onderzoeksvragen, maar ook voor educatie,” vertelt Karel van Lambalgen, hoofd ICT van het LUMC. “Dan kunnen onze studenten al zo vroeg mogelijk leren werken met een supercomputer.”
Ridderbos benadrukt dat het LUMC en de Universiteit Leiden hun krachten op HPC-gebied in toenemende mate bundelen. Om dat kracht bij te zetten, tekenden hij en Rolf Oosterloo, directeur bedrijfsvoering van de Faculteit der Sociale Wetenschappen een samenwerkingsovereenkomst. De komende twee jaar zal, parallel aan de realisatie van het CFER, ook het gezamenlijk gebruik van de LUMC-faciliteit worden uitgebreid. Daarnaast wil Ridderbos de samenwerking in de regio versterken. “De eerste contacten met TU Delft zijn gelegd. Om een project als dit goed op te zetten én up to date te houden, zijn continue investeringen nodig. Dat kunnen we het beste gezamenlijk doen.”
Voorbeeld van mogelijkheid met HPC
Een voorbeeld van de mogelijkheden van een HPC-faciliteit geeft Lara Wierenga (Instituut Psychologie). Zij doet onderzoek naar de hersenontwikkeling van kinderen. Hiervoor analyseert zij vele tientallen of zelfs honderden MRI-scans van kinderhersenen. “Kinderen liggen niet altijd stil in de scanner. Daardoor is de kwaliteit van lang niet elke scan goed genoeg om te analyseren.” Om dat te bepalen, moesten Wierenga en haar collega’s elke scan handmatig controleren. “We wilden dit natuurlijk graag automatiseren, want het is zeer tijdrovend.”
Met behulp van de supercomputer in het LUMC ontwikkelde Wierenga drie modellen die de scans automatisch konden beoordelen. “Elk model moest getest worden op de bijna 800 scans uit onze dataset. Op een lokale, simpele computer zou dat 1569 dagen hebben geduurd. Met de HPC waren we er in 17 dagen doorheen.” De neuropsychologe kijkt uit naar het nieuwe, nog krachtigere CFER. “Onze datasets worden alleen maar groter: meer proefpersonen die we langere tijd volgen en dus vaker scannen. Met een betere HPC-faciliteit kunnen we blijven concurreren met de top van ons vakgebied.”
Ontwikkelingen op HPC-gebied
De Europese Commissie (EC) wil in de periode 2021-2027 in totaal EUR 9,2 miljard uittrekken voor een digitale programma gericht op opkomende technologieën, waaronder supercomputing, AI en cybersecurity. De EC wil EUR 2.7 miljard opzij zetten voor HPC en dataverwerking, onderdelen die een belangrijke rol zullen gaan spelen bij onder andere healthcare, utilities en security.
In Nederland wil SURFSara, een dochter van ICT-instantie SURF, medio 2019 tot vervanging overgaan van
de Nationale Supercomputer Cartesius (nu op plek 218 in de TOP500). Cartesius draait al sinds 2013 en is in fasen opgeschaald tot zijn huidige sterkte van 1,8 petaflop per seconde. SURF is actief voor hoger onderwijsinstellingen zoals universiteiten en UMC’s.
