Het JPIAMR-VRI Digital Platform is sinds afgelopen week beschikbaar voor onderzoekers die zich bezighouden met antimicrobiële resistentie (AMR). Het volgens onderzoeksfinancierder ZonMW unieke en gratis toegangspunt vergemakkelijkt kennisuitwisseling en het delen van AMR-gerelateerde onderzoeksdata voor de wereldwijde AMR-onderzoeksgemeenschap.
Antimicrobiële resistentie is een urgent en wereldwijd probleem dat vraagt om een multidisciplinaire en internationale aanpak. Micro-organismen (zoals bacteriën, schimmels, virussen en parasieten) veranderen en worden resistent als zij worden blootgesteld aan medicijnen. Het risico bestaat dat mensen overlijden aan een onschuldige infectieziekte als een blaasontsteking omdat de bacterie niet gevoelig is voor antibiotica. Onderzoek en samenwerking op dit gebied moet met het JPIAMR-VRI Digital Platform gestimuleerd worden.
Platform toegangspunt AMR-gemeenschap
Het JPIAMR-VRI (Virtual Research Institute) Digital Platform is ontwikkeld door een aantal partijen. ZonMW maakt deel uit van de werkgroep die de ontwikkeling van de VRI mede mogelijk heeft gemaakt. Het is een gratis toegangspunt voor de hele AMR-gemeenschap om kennisuitwisseling en gegevensuitwisseling van onderzoeksgegevens over antimicrobiële resistentie over de hele wereld te vergemakkelijken.
Het platform verbindt datasets door integratie van verschillende databases, zoals de CARD, Resapath, NCBI Isolates browser ATLAS met meer dan 140 verschillende publieke databronnen die al beschikbaar zijn in het DISQOVER-platform van ONTOFORCE. Dit zal de gebruiker helpen bij het efficiënter analyseren, integreren en extraheren van AMR-gegevens om complexe datasets eenvoudiger te maken.
Reeks gegevensbronnen
Onderzoekers kunnen de meerdere geïntegreerde gegevensbronnen in het digitale platform verkennen om het volgende te vinden:
- Mogelijke doelwitten voor een antibioticummolecuul naar keuze.
- Chemische informatie over antibiotica en de bijbehorende biologische testgegevens.
- Determinanten van antibioticaresistentie en antibioticaresistentiefenotypes.
- Resistentiemechanismen van organismen.
- Resistentiegenen/plasmiden en hun sequentiegegevensinformatie.
- AMR-bewakingsgegevens van pathogene bacteriën geïsoleerd uit zieke dieren.
- Klinische studies, patenten en publicaties.
- Belangrijke opinieleiders op het gebied van AMR-onderzoek.
- Onderzoeksorganisaties en academische instellingen die betrokken zijn bij AMR-onderzoek over de hele wereld.
Het platform werd officieel gelanceerd tijdens een live webinar op 9 juni 2021. Het webinar combineerde korte lezingen over het concept van de ontwikkeling van het JPIAMR-VRI Digital Platform gevolgd door een live demonstratie van het platform. Een paneldiscussie over de waarde van interconnectie en integratie van verschillende AMR-databases sloot het webinar af.
